電影: Naoko Takano

世間人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，緊接著的……是離別　　刺耳的警報聲驟然響起，通過無線電傳入每個人的耳中。八號殖民地“白雪公主”正遭到突如其來的襲擊，防禦力量正被迅速瓦解。與此同時，“白雪公主”內部突然出現幾個頭帶斗笠象僧侶一樣的人開始追殺研究員……當入侵的機器人突入“白雪公主”的時候，裡面已經血流成河。那些僧侶們留下一句“你來遲了一步，復仇者，你還未夠道行啊”，就神秘的消失了。...

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“我想我可以說出來了。我與美遊的……至今為止的故事” 世界向著毀滅前進。能夠阻止毀滅的步伐的，唯有身為“聖杯”的美遊的犧牲而已。要選擇世界，還是美遊——。面對發起“世界的救濟”的愛因茲華斯所提出的這個問題，伊莉雅給出的答案是，“拯救雙方”這種單純的“任性”。戰鬥迎來暫時的休止，一行人暫時棲身於美遊與士郎成長的家中。在眾人團聚的途中，士郎開始講述自己與美遊的過去。曾經能夠無差別地實現任何願望的神稚兒美遊。士郎將無家可歸的她帶回了自己與切嗣一同生活過的家裡。在那之後過了5年。兩人如同親兄妹一般度過著...

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在與恩茲華斯的激烈戰鬥之後，眾人獲得了短暫的喘息空間。伊莉雅一行人在救出美遊之後，從平行世界的衛宮士郎口中得知美遊的過去，以及在這個世界中發動的「聖杯戰爭」。 那不僅僅只是美遊的悲慘命運，更是哥哥士郎為了美遊而賭上性命，進行一場壯烈戰鬥的偉大故事。為了拯救人類，恩茲華斯決定犧牲美遊。為了保護美遊，士郎不惜與世界以及恩茲華斯為敵。面對相互對立的兩種正義…，伊莉雅立誓要找出方法，守護這一切！ 為了創造能與夥伴共同歡笑的未來，魔法少女們的戰鬥將再次展開。...

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在名為「知識之箱」的空間內，存在著不同時間的世界。名為杜兒及桃樂絲的兩名少女，肩負著對抗敵人「病毒」及刪除被「病毒」感染的世界的重任。 某日，兩人因感受到有新的病毒誕生而前往消滅，但在過程中卻發現一名被病毒襲擊的少女。在救出少女且等待其清醒後，她們詢問其的身份及來自何處，可惜少女喪失了記憶，只記起自己名為「莉茉」及「我必須回到花田」這一句話……...